ГБУ «МосТрансПроект» – один из старейших проектных и научно-исследовательских институтов в России с 75-летней историей.

В 1948 создается организация под названием «Мосэлектротранспроект» со штаб-квартирой на Раушской набережной в столице.
С 1953-1975 гг. директором «Мосэлектротранспроекта» был выдающийся инженер-транспортник Михаил Наумович Шполянский, который внес весомый вклад в историю городского транспорта нашей страны. При его техническом руководстве в 1933 году в Москве была разработана и введена в действие первая в СССР троллейбусная линия. Также Михаил Шполянский принимал активное участие в строительстве первой линии Московского метрополитена и провёл первый поезд по туннелям Московского метро.
В те годы основной задачей «Мосэлектротранспроекта» было проведение работ для строительства и реконструкции трамвайных путей в Москве. В то время трамвай был основным видом общественного пассажирского транспорта в столице.

В 1958 году организацию переименовывают в «Мосгортранспроект» и ее деятельность расширяется. «Мосгортранспроект» выполняет полный комплекс проектных работ для всех видов городского наземного транспорта Москвы: троллейбуса, трамвая и автобуса.
В 1961 году специалисты «Мосгортранспроекта» разработали и настроили первый в СССР электронный светофорный контроллер (кибернетический светофор) на углу улиц Богдана Хмельницкого и Армянского переулка. Устройство само учитывало число подходящих машин и решало, в каком направлении правильнее открыть движение.
За несколько лет также были разработаны и освоены в производстве первые в стране образцы транспортных и пешеходных светофоров, заложены нормативные основы проектирования светофорных объектов и систем управления движением как объектов капитального строительства.

В 1968 году «Мосгортранспроект» разработал и внедрил первую в стране автоматизированную систему управления дорожным движением (АСУДД) на крупном транспортном узле площади Серпуховской Заставы.
В 1969 году «Мосгортранспроект» стал главным разработчиком общегородской телеавтоматической системы управления дорожного движения в столице (система «СТАРТ»).
В 1970 году организация реорганизована в Научно-исследовательский и проектный институт городского пассажирского транспорта города Москвы («МосгортрансНИИпроект»).

В 1984 году «МосгортрансНИИпроект» переехал в новое здание на Садовую-Самотечную улицу, дом 1. Здание было построено по проекту Института. Оно стало управляющим центром системы «СТАРТ» и одной из важнейших доминант градостроительного комплекса центра Москвы.

В 1986 году введена в действие система «СТАРТ» разработанная «МосгортрансНИИпроектом». Система «СТАРТ» позволила автоматически координировать управление светофорами, следить за транспортной ситуацией, обнаруживать заторы, ДТП и пр. В процессе работы над системой Институт выполнял проектные исследования и координировал 9 крупнейших проектных институтов и НИИ Советского Союза. Система «СТАРТ» становится основой, на которой все последующие годы развивалась техника управления дорожным движением в Москве.
В 1992 году введена в действие разработанная Институтом автоматизированная система управления движением наземного городского пассажирского транспорта «АСУ-Рейс». Она позволила существенно повысить регулярность движения автобусов, сократить численность диспетчерского персонала, улучшить условия труда водителей и диспетчеров. В 90-х значительный объём работы Института занимала организация и управление дорожным движением на строящемся Третьем транспортном кольце.

В 2000 году «МосгортрансНИИпроект» получил государственную аккредитацию на ведение научной деятельности.
В 2002 году введено в эксплуатацию крупнейшее в стране трамвайное депо в Строгино на 200 вагонов, площадью 9,9 гектаров. Оно было оснащено самыми современными средствами для технического обслуживания и ремонта трамвая. Депо запроектировано и построено в рекордно короткие сроки – за 3 года.
В 2004 году командой Института разработана вся система электроснабжения единственной в стране Монорельсовой дороги.

В 2007 году организация переименована в Государственное унитарное предприятие «Научно-исследовательский и проектный институт городского транспорта Москвы (ГУП «МосгортрансНИИпроект»). В соответствии с новым Уставом, Институт стал принимать участие в функционировании всех видов и направлений деятельности городского транспорта столицы.
В 2013 году Институт переезжает в здание на «Чистых прудах».

В 2017 году Институт получает свое современное название ГБУ «МосТрансПроект» и значительно расширяет объём научно-исследовательских, конструкторских и проектных работ в области транспорта.
В том же году МосТрансПроект применяет новую технологию в ходе капремонта трамвайных путей – виброматы, позволяющие на треть сократить уровень вибрации от проезда трамвая.
Командой Института был разработан план управлениями перевозками болельщиков во время проведения Кубка конфедерации по футболу 2017 года и для Чемпионата мира по футболу 2018 года. Президент FIFA Джанни Инфантино назвал организацию чемпионата «лучшей за всю историю проведения мероприятия».
По проекту Института введен в эксплуатацию первый «умный светофор», подсвечивающий пешеходные зебры в темное время суток.
При участии МосТрансПроекта в 2019 году открыт учебный центр Международного союза общественного транспорта (МСОТ), где специалисты могут обмениваться опытом и обучаться лучшим мировым практикам.

В сентябре 2020 года после реставрации Северный речной вокзал распахнул свои двери для посетителей. Команда МосТрансПроекта разработала схему транспортного обслуживания вокзала, а также концепцию благоустройства набережной и привокзальной площади.
Специалисты Института впервые создали «цифровой двойник» дорог Москвы – единую электронную карту города с подробной информацией обо всех элементах дорожной инфраструктуры: пешеходных переходах, выделенных полосах, дорожных знаках, разметке и т.д. Вся эта информация ранее содержалась только на бумажных схемах. «Цифровой двойник дорог» впоследствии стал применяться Центром организации дорожного движения Москвы в повседневной работе.
МосТрансПроект разработал и запустил на городских улицах первый в мире беспилотный автомобиль-«паркон» для анализа дорожной обстановки и фиксации правонарушений с передачей данных в ГИБДД.
В 2021 году Институт разработал комплексные схемы транспортного обслуживания и благоустройства территорий всех станций Большой кольцевой линий метро.

В 2022 году Институт победил в VI Всероссийском конкурсе лучших проектов в области создания комфортной среды в номинации «Исторические поселения» с проектом «ПРОПаркъ» для города Белев
В 2023 году команда МосТрансПроекта при поддержке Департамента транспорта Москвы полностью разработала и запустила новый городской сервис «Узнай про ЖК», представляющий собой систему рейтингов, по оценке транспортной доступности новостроек. Партнерами выступили сервис по поиску недвижимости «ЦИАН», Домклик и геосервис 2ГИС, а в 22024 году к ним прибавились «Авито Недвижимость» и ДОМ.РФ.
28 апреля 2023 года открылся Южный речной вокзал (ЮРВ), координацией масштабной реконструкции которого занимался Институт. Открытие ЮРВ поставило точку в обновлении речных вокзалов столицы.

В 2023-2025 годах были организованы и проведены масштабные выставки «Станция Манеж» и «Та самая Москва».
В 2023 году экспозицию открыл Президент России В.В. Путин, запустил с нее движение поездов МЦД-3 и одобрил проект строительства ВСМ-1 «Москва-Санкт-Петербург».
37-метровая голограмма с выставки попала в Книгу рекордов России как самая большая в стране
В 2024 году выставка стала самой посещаемой за всю историю Манежа – экспозицию увидели 357 тыс. человек.
Выставка «Станция Манеж: 2023-2024» победила в номинации «Лучший событийный проект» на премии «Развития регионов. Лучшее для России».
В 2025 году впервые на выставке площадью 11 тыс. кв. м были объединены достижения города сразу в 3 сферах – транспорте, градостроительстве и промышленности.

В 2025 году после масштабной реконструкции, выполненной по проекту Института, открылось старейшее трамвайное депо Москвы им. П. Л. Апакова. Теперь депо оснащено самым передовым оборудование, которое сможет обслуживать новейшие низкопольные трамваи российского производства.
В голосовании на портале «Активный гражданин» москвичи поддержали идею создания на месте монорельса первого российского круглогодичного парка на высоте 6 м с беговой дорожкой, аллеями, кафе и зонами отдыха. Концепцию парка разработала команда МосТрансПроекта, опираясь на зарубежный опыт.
На проспекте Академика Сахарова открылась первая в России трамвайная линия без контактной сети, соединившая трамвайную сеть через центр города от Метрогородка до метро «Университет». Наш Институт был инициатором проекта, делал расчеты для принятия решения, транспортную схему и другие аспекты проектирования.